Das Logo des Ostkircheninstituts der Diözese Regensburg nimmt Bezug auf den hl. Johannes Chrysostomos, an dessen Gedenktag (13. September) das Institut errichtet wurde. Die rechte Segenshand des Heiligen wird als Reliquie im Chorraum des Domes St. Peter zu Regensburg aufbewahrt; daran erinnert im Logo die Silhouette der Regensburger Kathedralkirche. Allen Ostkirchen und der römisch-katholischen Kirche ist das liturgische Gedenken des hl. Johannes Chrysostomos gemeinsam. An diese Gemeinsamkeit wird durch die Ikone des Heiligen erinnert. Ähnlich wie das Logo die Ikone des hl. Johannes Chrysostomos grafisch mit dem Regensburger Dom und damit symbolisch Ost und West verbindet, so soll auch das Ostkircheninstitut der Diözese Regensburg für das Gemeinsame arbeiten und einer ökumenischen Annäherung der Kirchen dienen.